Im Jahr 1152 bekam der Ritter Hugo von Büren von der Gräfin Gertrud von Bentheim ein Stück Land, das "Wyt in de Mersch" lag. Hier gründete er mit seinen Leuten ein Kloster für Männer und Frauen.

Am 14. September 1152 feierte der Mönch Hildebrand aus Utrecht die erste heilige Messe in einer hölzernen Kirche, die bei einem Eibenbaum stand. Anfang des 13. Jahrhunderts wurde eine steinerne Kirche aus behauenen Findlingen und aus Bentheimer Sandstein erbaut. Diese Kirche diente als Grablege der Grafen von Bentheim.

Nachdem die Mönche im Jahre 1259 nach Utrecht übersiedelten, wurde das Kloster zu einem reinen Frauenkloster. Viele Nonnen stammten aus dem münsterländischen Adel.

1544 widersetzten sich die Nonnen der Reformation.

Das Kloster Wietmarschen wurde 1675 zum freiweltliches Damenstift. Nur unverheiratete Frauen oder Witwen aus dem Adelsstand wurden aufgenommen. Nun besserten sich die wirtschaftlichen Verhältnisse in kurzer Zeit: Die viel zu kleine Kirche wurde vergrößert, renoviert und mit einer barocken Innenausstattung versehen, die Stiftshäuser sowie die Waldkapellen wurden errichtet.

Einige bedeutende Stiftsdamen, die den Ort geprägt haben:

• Margaretha-Benedikta von Droste-Hülshoff erbaute das Äbtissinnenhaus.
• Margaretha-Sybilla von Twickel stiftete 1682 den Hochaltar in der Wallfahrtskirche.
• Anna von Twickel stiftete 1662 den Annenaltar in der Kirche.
• Anna-Maria von Grubbe zu Herinkhave stiftete 1663 den Nikolausaltar in der Kirche.
• Sophia von Herding ließ 1783 die Marienkapelle im Stiftswald erbauen.
• Franziska von Zandt hat eine Glocke für die Kirche gestiftet.
• Adolfine von Höfflinger war eine der letzten bedeutenden Stiftsdamen von Wietmarschen.
• Die letzte Stiftsdame Maria-Theresia-Clementina von Amelunxen starb 1861, 50 Jahre nach Auflösung des Stiftes.

Im Jahre 1811, im Rahmen der Annexion nordwestdeutscher Gebiete ab dem 1. Januar 1811 durch das napoleonische Kaiserreich, wurde das Stift aufgelöst und das Vermögen eingezogen. Aus der einstigen Klosterkirche wurde eine katholische Pfarrkirche.

Jahrhunderte entwickelten sich neben dem bereits bestehenden Dorfkern Einzelsiedlungen, die vor allem im nördlichen Teil der Gemarkung teilweise bis in das Hochmoorgebiet hineinwuchsen.

Nachdem die Stiftsdamen nicht mehr in den Häusern wohnten, zogen Wietmarscher Familien in die Wohnungen ein.

Im Jahre 1921 erhob der Bischof von Osnabrück, Wilhelm Berning, das ehemalige Benediktinerkloster zu einem offiziellen Wallfahrtsort. 1927 erfolgte die Fertigstellung des Kirchenbaus der heutigen großen Wallfahrtskirche in Art einer Basilika.

1944 wurde die Kirche durch eine Fliegerbombe beschädigt. Die Schäden wurden unter anderem von sowjetischen Kriegsgefangenen aus dem Lager Füchtenfeld repariert.

Im Zuge des wirtschaftlichen Aufschwungs nach dem 2. Weltkrieg wurden die Gebäude des Klosters Wietmarschen rings um die Wallfahrtskirche nach und nach abgerissen. Die Bewohner des "Stiftes" errichteten sich Eigenheime in den entstehenden neuen Wohngebieten. Gegen Ende der 1970er Jahre haben die politisch Verantwortlichen dann ein Konzept entwickelt, die verbliebenen drei Stiftsgebäude, das Äbtissinnenhaus, das Stiftsdamenhaus und das Verwalterhaus vor dem Abriss zu retten und sie nach Restaurierung unter Leitung der Architektin Petra Berning einer sinnvollen Nutzung zuzuführen.